Nació en Lisboa, Reino de Portugal, probablemente entre 1191 y 1195. Fue sacerdote de la Orden Franciscana, predicador y teólogo; proclamado doctor de la Iglesia el 16 de enero de 1946 por el papa Pío XII, quien le concedió el título especial de «Doctor evangélico» por su profundo conocimiento de la Escritura.
Su nombre de nacimiento fue Fernando Martim de Bulhões e Taveira Azevedo, hijo primogénito de Martín de Alfonso -caballero portugués descendiente de la nobleza francesa (Casa de los Bouillon)- y de María Taveira.
Fernando, siendo muy joven, inició sus estudios en la escuela catedralicia de su ciudad natal, donde un tío suyo era “maestrescuela” (canónigo encargado de la enseñanza); más tarde, hacia 1210, ingresó en el monasterio de canónigos regulares de San Agustín de San Vicente de Fora, cerca de Lisboa. Allí, entre sus maestros, estuvo Petrus Petri, uno de los más famosos arquitectos de la época, célebre también por su dedicación a las ciencias. Los monjes de la orden de San Agustín eran famosos por su dedicación a los estudios. Fernando estudió las Sagradas Escrituras y la teología de varios doctores de la Iglesia como San Jerónimo de Estridón, San Agustín de Hipona, San Gregorio Magno y San Bernardo de Claraval. También estudió los clásicos latinos, como Ovidio y Séneca.
Lamentablemente, su familia estaba en contra de su vocación religiosa y empezó a presionarlo de diversas maneras para que deje el monasterio. Él, empeñado en continuar su formación, renunció a la herencia familiar con el propósito de encontrar la tranquilidad y la libertad necesarias. Fue así que en 1212, se trasladó al monasterio de Santa Cruz de Coimbra. Por ese entonces, dicho monasterio se había convertido en un importante centro de enseñanza y formación eclesiástica, en el que estaba ubicada una de las mejores bibliotecas del Reino. Fue allí donde recibió influencia de la escuela teológica de San Víctor, a través de aquellos maestros que se habían formado en la famosa abadía de las afueras de París, cuna de dicho movimiento teológico. Fernando tuvo en Coimbra la oportunidad de profundizar en la disciplina religiosa, el conocimiento de la Biblia y el ejercicio de la Lectio divina.
Sin embargo, pese a sus esfuerzos, allí tampoco encontró tranquilidad, ya que el monasterio se vio afectado por las disputas entre el rey Alfonso II de Portugal y el papa Inocencio III. Incluso, su propio Prior fue excomulgado por haberse puesto del lado del rey.
A principios de 1220, cuando probablemente Fernando ya era sacerdote, fueron conducidas a Coimbra las reliquias de tres sacerdotes -Berardo, Pedro y Otón- y dos hermanos legos -Acursio y Ayuto-, todos franciscanos, quienes fueron asesinados en Marrakech (Marruecos). El evento produjo un impacto tan grande en la vida de Antonio, que en el verano de 1220 dejó a los agustinos y se hizo franciscano. Fernando se había sentido atraído por su modo de vida fraterno, evangélico y de pobreza. Fue al ser admitido como franciscano cuando adoptó el nombre de “Antonio”, en honor a san Antonio Abad, a quien estaba dedicada la ermita en la que vivía (Eremitorio de Olivais). Posteriormente, Antonio partió para Marruecos, dispuesto a sufrir el martirio, pero enfermó gravemente de malaria (invierno de 1220), lo que lo hizo retornar. En el trayecto de regreso, una tormenta obligó a su barco a desviarse hacia Sicilia, y fue allí donde se enteró de que el Capítulo general de los franciscanos había sido convocado y se realizaría en Asís.​
En junio de 1221 asistió al capítulo de su orden (“capítulo de las Esteras”) que reunió alrededor de 3 mil franciscanos; allí tuvo la oportunidad de conocer a San Francisco de Asís. Fernando decidió entonces no regresar a Coimbra y ponerse al servicio de fray Gracián, provincial de la Romaña (circunscripción franciscana del norte de Italia).
Fray Gracián lo envió durante un año al eremitorio de Montepaolo (cerca de Forli) para que se prepare para su siguiente misión apostólica. A mediados de 1222, completamente repuesto de la enfermedad, predicó en la catedral de Forli con ocasión de unas ordenaciones de franciscanos y dominicos. Aquel sermón -que él acusaba de no haber sido muy bien preparado- le ganó reconocimiento como gran predicador, por su profundidad espiritual.
Así, su provincial le nombró predicador y le encargó combatir la herejía del catarismo por el norte de Italia, donde estaba muy extendida. Recorrió así numerosos lugares. En Rímini, en 1223, por ejemplo, tuvo una serie de discusiones públicas con Bononillo, un obispo partidario de los cátaros. Su catequesis tuvo tal éxito que muchos se rectificaron en sus posiciones, incluyendo al mismo Bononillo. A finales de ese año o principios de 1224, llegó a Bolonia, y se convirtió en el maestro de teología de los frailes franciscanos del convento de Santa María de la Pugliola; fue entonces que le nombraron “primer maestro” de la orden, con la autorización de San Francisco.
Hacia 1225, sus superiores lo trasladaron al sur de Francia, donde los albigenses (partidarios del catarismo) organizaron una revuelta y tenían más fuerza que en Italia. Antonio combatió la herejía acercándose a los no creyentes y fortaleciendo la catequesis impartida a los cristianos. Su forma de ser, afable y respetuosa, y su vida ejemplar facilitaban muchísimo sus empeños. Prosiguió su enseñanza teológica en Montpellier (donde se formaban los franciscanos y dominicos que iban a predicar en la región) y Tolosa (otra ciudad con fuerte presencia albigense), además se convirtió en “guardián” del convento de Le Puy-en-Velay (al oeste de Valence y Lyon) y, desde el capítulo de Arlés de 1225, en “custodio” de Limoges. Antonio, por ese entonces, estableció la residencia de los franciscanos de la ciudad en una antigua ermita benedictina y fundó un convento cerca de Brieve.
A finales de 1225, participó en el sínodo de Bourges, que examinó la situación de la región. San Antonio de Padua señaló a los prelados la necesidad de vivir con sencillez para dar ejemplo. El obispo de Bourges, Simón de Sully, respondió a su pedido y aplicó en lo sucesivo la reforma de costumbres entre los frailes, ayudándose de franciscanos y dominicos para la evangelización de su diócesis.
La muerte de San Francisco el 3 de octubre de 1226 le obligó a viajar a Asís, en calidad de custodio de Limoges, para asistir al capítulo general que debía elegir al nuevo ministro general; este tuvo lugar el 30 de mayo de 1227, siendo elegido fray Juan Parenti. El nuevo ministro general, conocedor de la valía de Antonio, le nombró provincial de Romaña. Muy querido por sus frailes, recorrió los lugares de su provincia donde había conventos franciscanos. Uno de ellos fue Vercelli, donde predicó en la catedral con gran impacto y conoció y entabló amistad con el teólogo y canónigo regular Tomás Galo.
También por entonces debió pasar estancias largas en Padua, donde fundó una escuela de franciscanos y comenzó a escribir una serie de sermones. Fruto de su labor, se produjo un aumento de las misiones de predicación y la fundación de numerosos conventos. En el capítulo general de 1230, reunido con ocasión del traslado de los restos de San Francisco a la basílica de Asís, pidió a fray Parenti que le retirase del cargo a causa de su mala salud.
El general aceptó su renuncia a cambio de que formara parte de una comisión que debía presentar al papa Gregorio IX varias cuestiones sobre la regla franciscana, que el pontífice debía estudiar y aprobar. Antonio predicó ante él y la curia romana, siendo escuchado con entusiasmo: el Papa llegó a llamarlo “Arca del Testamento”. Por esto, es posible que Antonio colaborase en la redacción de la bula Quo elongati, que fue la respuesta a los problemas planteados por la orden franciscana al Pontífice.
Después marchó al que sería su último destino, Padua, ciudad a la que se entregó con tal ardor que en lo sucesivo su nombre quedaría asociado a ella: Antonio “de Padua”. Se instaló primero en la capilla de la Arcella, junto al convento de clarisas, pero solía predicar en el convento franciscano de Santa María, extramuros de la ciudad.
Escribió, por petición del cardenal Reinaldo dei Segni (el futuro Papa Alejandro IV), una serie de sermones según las fiestas del año litúrgico y predicó hasta el agotamiento la Cuaresma de 1231. A sus sermones diarios asistió gran parte de la ciudad y consiguió que su Consejo Mayor liberara a los deudores presos que no podían pagar sus deudas (origen del “Estatuto de San Antonio”). Poco después, el podestá Esteban Badoer le rogó que solicitase al poderoso Ezzelino IV da Romano la liberación de varios nobles paduanos que tenía prisioneros; de este modo, viajó a Verona y se entrevistó con Ezzelino, aparentemente sin éxito, si bien unos meses después de la muerte de Antonio acabaría por ceder.
En mayo, habiendo empeorado su salud por el viaje, se retiró al cercano lugar de Camposampiero para descansar y terminar de escribir los Sermones. Pero la gente tuvo conocimiento del lugar en que estaba y acudió en masa a oírle y pedirle consejo. El viernes 13 de junio sufrió un colapso y pidió que le trasladen a Padua. Así se hizo, aunque para evitar las multitudes se detuvieron en la Arcella, donde murió Antonio esa misma tarde. Pudo recibir la extremaunción y su tránsito se produjo en compañía de sus hermanos, quienes entonaron salmos penitenciales. Antonio no tenía ni cuarenta años y había ejercido su intensa predicación poco más de diez.
Orador sagrado, fundador de hermandades y de cofradías, teólogo y hombre de gobierno, dejó varios tratados de mística y de ascética y, por supuesto, sus sermones. Un año después de su muerte fue beatificado. Su culto, muy popular, se generalizó a partir del siglo XV. Su representación más valiosa se debe a Goya, quien lo plasmó en San Antonio de la Florida.
La celebración multitudinaria de sus exequias y la multiplicidad de milagros que se le atribuyeron en vida promovieron su rapidísima canonización. De hecho, es el segundo santo más rápidamente canonizado por la Iglesia católica: 352 días después de su fallecimiento, el 30 de mayo de 1232, por el Papa Gregorio IX. Su fiesta se celebra el 13 de junio.